坠海 1999年10月31日，埃及航空990航班在美国楠塔基特岛以南100公里处坠入大西洋，机上217人全部丧生。事发3年后，美国调查人员在空难最终报告中认定，客机副驾驶盖米勒·巴托迪趁独自在驾驶舱时关闭自动驾驶，手动驾驶这架波音客机冲向海面。

起火 2011年7月29日，埃及航空667班次客机停靠在开罗机场3号航站楼停机口时，驾驶舱起火。客机机型为波音777，计划从开罗飞往沙特阿拉伯。起火时机上共有317人。事故发生后机场消防人员及时赶到并扑灭了大火。事故共导致包括2名消防员在内的9人受伤，飞机报废。

撞山 2002年5月7日，埃及航空843航班从开罗国际机场起飞后，飞往突尼斯机场。快到突尼斯时，飞机撞上一座大山。事故导致机上15人身亡、27人受伤。飞机坠毁时，天气有雾且下着雨。

劫机 一架原定从亚历山大国际机场飞往开罗的埃及航空A320班机，于途中遭到劫持，改飞至塞浦路斯拉纳卡国际机场。在劫机7小时后，所有乘客和机组人员都被释放，劫机者向警方投降最终被拘留，机上56名乘客与8名机组人员无人遇难。

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